压力喷雾干燥机的压力式干燥是物料通过高压泵增加，物料经过耐磨损的喷嘴后高压雾化，雾化角度一般在60-80°之间。物料和热风分配器并流进行瞬间干燥，雾滴在干燥时由于比较集中，在高强度的蒸发时易产生中空的颗粒，物料复溶时非常容易。同时可以进行二次附聚设计，自旋风分离器下来的物料可以进行附聚再造粒，细粉与雾滴进行二次造粒，形成的颗粒度比较大，做胶原蛋白粉时目数一般在120目左右。
离心式干燥主要是物料通过高速旋转的离心分配盘产生的离心力将物料分配成雾滴状，与通过蜗壳热风分配器的热风相接触后瞬间干燥。由于是将物料高速旋转进行离心分配，物料分度的直径比较大，需要较大的直径，如果直径小的话，雾滴直接接触到塔壁会黏壁，挂粉。故离心干燥机一般设计的直径都相对较大。
同时由于物料是被离心力甩出来，雾滴的相对大小比较均匀，雾滴与热风接触的瞬间被干燥，雾滴干燥成基本都是实心球体，物料的颗粒度比较均匀，但是相对复溶性相对较差，物料的颗粒度相对较小，做胶原蛋白粉时一般目数在200目左右。
相比而言，压力喷雾干燥机既可以并流型进风、逆流型进风，也可以混流型进风；般生产胶原蛋白为并流型进风；既可以底部排风也可以顶部排风，顶部上排风相对热能利用率高，更加节能。而离心式喷雾干燥只能是并流型进风；一般都是底部排风，热能利用率低。
除此之外，这两种干燥机的后期维护费用也有区别。离心式喷雾干燥机组后期离心分配器的维护成本比较高；压力喷雾干燥机的后期维护费用仅仅更换喷片，维护费用非常低。