喷雾干燥机按雾化器的结构可分为离心式、压力式和气流式。喷雾干燥的食品可以是溶液、浆料或糊状的物料，但是可用泵抽送的。食品物料需要先进行雾化再在进入干燥室进行热交换。由于喷雾形成的料滴非常小，这就提供了相当大的换热面积，使蒸发过程得以迅速进行。
1、粘壁现象成为头号难题
粘壁现象是妨碍喷雾干燥机正常操作的一个突出问题，富含动物油脂的食品物料往往会沉积在干燥室壁面上。随着时间的流逝，这些食品物料会逐渐演变成为污染源，危害食品健康。因此，不少喷雾干燥机的生产企业联合专家学者探索出一些解决粘壁问题的办法。
他们认为是因为喷雾干燥机的壁面温度过高使得产品粘滞，因此将干燥室改成夹层结构，提高冷却效率；采用振动器、气锤等物体对粘壁物进行分离；通过塔壁旋气片切向引入二次空气冷却塔壁；干燥室墙壁抛光底部常采用锥底降低物料停留可能性；还有的企业加入了防粘扫壁的新技术等……
2、体积过大面临放置难题
体积过大面临着放置区域的限制。随着人们对食品生产条件的重视，不少食品企业都建造了三十万级或十万级的无尘净化车间，但喷雾干燥机由于体积庞大，不能整体都放在洁净区域，不少企业会选择将收集物料的部分放在洁净区，其余部位在别处放置。
面对这种情况，需要喷雾干燥设备系统提高密闭性能，防止外部环境污染。
3、物料控制可向智能化转变
喷雾干燥机在作业时需要成品的颗粒大小分布、残留水份含量、堆积密度和颗粒形状符合的标准，制作出来的颗粒才能得到理想效果。以堆积密度为例，在喷雾干燥过程中，堆密度是食品的重要特性之一，在操作过程中每种措施都要确保达到的堆密度。影响堆密度有粉料温湿度、进料温度、粒度分布、吸入干燥空气温度、产品排出温度、空气接触方式、喷雾器型式及在喷雾干燥器中所设置的位置等有关。
要保障食品原物料的堆积密度达到理想效果需要经验丰富的老师傅进行坐镇。但随着智能化时代的到来，如果喷雾干燥机能够根据物料的湿度、位置、颗粒大小等自行分析判断物料所需的喷雾温度、时长等就能大大降低设备对人的依赖。